KAKASI のローマ字(訓令式)と ISO3602との違いを調べてみました。

いろいろ複雑なのでとりあえずは、単純変換できるところだけ。

ヅ : du -> zu
ヲ : wo -> o

ヂャ : dya -> zya 
ヂュ : dyu -> zyu
ヂョ : dyo -> zyo

長音節を表わす２連字の仮名
長音節を表わす３連字の仮名

あたりが異なっているようです。 ただし、厳格な転字をする場合という体系の方に近いかもしれない。

また、長音以外は内閣訓令第1号「ローマ字のつづり方の実施について」の第2表には載っている。(ISO3602には含まれないのか??)

長音はまず KAKASI の場合、母音を重ねる代書法で変換しています。 これはこれで妥当なのですが、「ー」を使った場合は後置で「^]を付けるとか、統一感がありません。 また、オ段+ウが異なります。例えば、「オウ」は「オオ」と同じ「oo」でなければなりませんが、KAKASI では「ou」になっています。