mecab-perl-0.92.tar.gz には test.pl test2.pl の二つのテストスクリプト(と思われる)が含まれます。

これらは Test モジュールを用いた一般的なテストスクリプトではありません。

そのことは特に問題ないのですが、test.pl はテストスクリプトであると、ExtUtils::MakeMaker に認識されますが、test2.pl は認識されません。
このため、test2.pl はモジュールの一部と認識されるようで、コンパイルすると blib/lib/ に含まれます。

テストスクリプトの test2.pl を MeCab の一部としてインストールする必要はないので、あまり好ましいものではありません。

複数のテストスクリプトを入れるのであるなら、Test モジュールを用いたテストスクリプトにして、 t/ 以下に置くのが良いように思います。