改行しないで分かち書きのテストをした結果です。

$ echo -n "本日は晴天なり" | kakasi -w
本日 は 晴天 なり$

$echo -n "本日は晴天なり" | chasen -j -F '%m '
本日 は 晴天 なり
$

$ echo -n "本日は晴天なり" | mecab -Owakati -b 8192
$

というように MeCab では無視されます。 改行を入れると

$ echo "本日は晴天なり" | mecab -Owakati -b 8192
本日 は 晴天 なり
$

のように分かち書きされます。
MeCab では改行が必須のようです。