namazu.cgi は Suicide_Time で設定した時間(デフォルトで60秒)でタイムアウトする機能があります。
しかし、この機能は UNIX でしか働かないということが今回わかりました。
これは UNIX の機能を利用した仕組みのためです。

元々、念のためにという機能ですので、Suicide_Time に頼らず、UNIX にしても Windows にしても、Web サーバのタイムアウトでリソースの制限を加えるようにお願いします。

例えば、Apache 2.0では、RLimitCPU／RLimitMEM／RLimitNPROCディレクティブを利用することでサーバリソースを制限できます。

cygwin 版はこの場合 UNIX 版として扱ってください。