Acrobat 7 の PDF 1.6 形式のファイルを xpdf 3.01pl1 の pdftotext
で処理すると、

Error: PDF version 1.6 -- xpdf supports version 1.5 (continuing anyway)

とエラーが発生しますが、テキストは取り出せるようです。
# あまり PDF 1.6 形式のファイルがないので、十分な確認はできませんが...。

Namazu 2.0.15 では pdftotext のエラーは捨てられるので、気づかないかもしれませんが、とりえあえず xpdf 3.01pl1 ではサポート外なので、芋づる式に filter/pdf.pl もサポート外になります。
ご了承ください。